Dans le cadre de sa collaboration avec le Cabinet cantonal des estampes, la Fondation William Cuendet & Atelier Saint-Prex participe à de nombreux projets en prêtant régulièrement des œuvres sorties de ses fonds. Mais elle est également à l’origine de nombreuses expositions dont elle assure elle-même la conception et l’organisation. En raison de sa double orientation et de la personnalité des membres qui constituent son conseil(artistes, collectionneurs, écrivains et historiens de l’art), la Fondation ouvre des dossiers d’importance qui sont en relation directe aussi bien avec les œuvres conservées dans ses fonds qu’avec les préoccupations des artistes travaillant à l’Atelier de Saint-Prex.
Dès sa création, en 1977, la Fondation propose une présentation générale de ses collections et une exposition Dürer-Rembrandt au Musée de Pully. Elle présente ensuite au Musée de l’Elysée, en collaboration avec la collection parisienne André Jammes, une exposition sur L’Origine de la photographie gravée (1981) qui reflète l’intérêt essentiel des artistes de l’Atelier pour la technique de l’aquatinte et les secrets disparus de l’héliogravure. L’idée de cette exposition sera reprise quelques années plus tard au Palais de Tokyo à Paris.
Cette réflexion sur une technique étroitement liée au développement de la photographie sera complétée par un second volet intitulé Graver la lumière, présenté au cours de l’hiver 2002-2003 dans les salles du Musée Jenisch Vevey. A côté de rétrospectives consacrées à quelques-uns des graveurs proches de l’Atelier, comme Albert-Edgar Yersin, Henry Bischoff, Gérard de Palézieux, Ilse Lierhammer, Pietro Sarto, Edmond Quinche, Urs ou Jon Goodman, la Fondation organise en 1996 une savante exposition ayant pour objet d’étude la gravure en trichromie. Ce grand projet, intitulé Anatomie de la couleur. L’invention de l’estampe en couleurs, mené conjointement par la Fondation Cuendet, les membres de l’Atelier de Saint-Prex et la Bibliothèque nationale de France, reçoit le Prix Estampa couronnant la meilleure exposition de l’année dans le domaine de l’estampe. Accompagnée d’un important catalogue rédigé par les deux commissaires de l’exposition, Maxime Préaud et Florian Rodari, elle est présentée quelques mois plus tard au Musée Olympique de Lausanne.
En 2007, pour fêter le trentième anniversaire de la Fondation, ses responsables souhaitent mettre en évidence les Temps forts de la collection et réunissent sous ce titre, sans considération de dates ou de thèmes, une centaine d’œuvres emblématiques du fonds. Cet ensemble fait ensuite l’objet d’une itinérance en Espagne, entre 2010 et 2012, sous le titre de Durero a Morandi. En 2017, l’idée d’une exposition illustrant la richesse et la variété des collections se concrétise par la présentation au Musée de Lodève d’un vaste ensemble réuni sous le titre d’Impressions fortes. Dans l’intervalle, la collection s’étant encore enrichie de deux fonds majeurs de portraits français du XVIIe siècle, ses responsables, Florian Rodari et Catherine McCready organisent deux expositions successives accompagnées d’importants catalogues : Robert Nanteuil, graveur du roi (2013) puis Claude Mellan. L’écriture de la méthode(2015-2016).
Plus récemment, en 2019 à Paris puis au Musée Jenisch de Vevey en 2020, une exposition d’envergure préparée en collaboration avec la Fondation Custodia salue l’œuvre du peintre-graveur et collectionneur Gérard de Palézieux. A l’été 2023, la collection est présentée au Musée Marmottant Paris, sous le titre repris de Graver la lumière, avec un catalogue.